Первый способ.
Устанавливаем shntool, flac, cuetools:
# aptitude install shntool flac cuetools
Далее выполняем подобные инструкции:
$ cuebreakpoints CannedWheat.cue | shnsplit -o flac CannedWheat.flac
$ cuetag CannedWheat.cue split-track*.flac
Второй способ.
Используем скрипт, предложенный Александром: split2flac
$ ./split2flac.sh CannedWheat.flac -cue CannedWheat.cue -o .
